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AI顯微鏡問世,數(shù)清血液中瘧疾細(xì)菌的數(shù)量不在話下

2017-11-24
關(guān)鍵詞: 智能化 AI顯微鏡

  比爾蓋茨的投資公司和中國麥克奧迪公司近日聯(lián)合宣布,計劃推出一款深度學(xué)習(xí)顯微鏡,該顯微鏡能夠在 20 分鐘之內(nèi)自動分辨和計算血液樣本中瘧疾細(xì)菌的數(shù)量。每年全世界約有50多萬人死于這種由蚊子傳播的疾病,這種AI顯微鏡可以加速并標(biāo)準(zhǔn)化瘧疾的檢測流程。

  AI顯微鏡的實驗結(jié)果顯示,它檢測瘧疾寄生蟲的能力達(dá)到了最高的世界衛(wèi)生組織顯微鏡標(biāo)準(zhǔn)(等級)。這個評級意味著它可以與訓(xùn)練有素的顯微鏡專家不分伯仲,盡管有研究人員指出,一些專業(yè)的顯微鏡技術(shù)人員仍然可以勝過自動化系統(tǒng)。

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  今年十月 Computer Vision 國際大會上的一項研究啟發(fā)了中國的麥克奧迪顯微鏡公司和 Global Good Fund(高智公司和比爾蓋茨共同投資的基金會),兩者決定共同實現(xiàn)顯微鏡技術(shù)的商業(yè)化。

  這種顯微鏡非常有助于跟蹤治療東南亞瘧疾中的多重耐藥菌株。Global Good Fund 全球健康技術(shù)主任 David Bell 表示:“這種多重耐藥菌株的監(jiān)測依賴于非常可靠的顯微鏡,幫助人們了解瘧疾藥物的效果,以及血液中寄生蟲數(shù)量的減少速度。我們發(fā)現(xiàn)機(jī)器學(xué)習(xí)可以讓這個過程更加精準(zhǔn)和標(biāo)準(zhǔn),從而讓很多國家實現(xiàn)更有效的監(jiān)測。”

  Global Good Fund 在于德國杜塞爾多夫舉辦的 MEDICA 2017 展會上公布了一部分細(xì)節(jié),該大會的舉辦時間為 2017 年 11 月 13 日至 16 日。正在研發(fā)的 EasyScan GO 顯微鏡將結(jié)合明場顯微鏡技術(shù)和深度學(xué)習(xí)軟件,該軟件可以自動識別導(dǎo)致瘧疾的寄生蟲。工作人員將大部分注意力放在制備血液樣本玻片上,以及在顯微鏡下觀察并驗證結(jié)果。

  高智公司主要調(diào)查員 Ben Wilson 表示,深度學(xué)習(xí)算法通常需要大量的訓(xùn)練數(shù)據(jù)來準(zhǔn)確識別物體,然而瘧疾寄生蟲為深度學(xué)習(xí)算法“準(zhǔn)備”了一個棘手的“稀有物體問題”。在血液涂片的數(shù)百個顯微鏡圖像中,微小的瘧疾寄生蟲可能僅顯示幾次。

  在感染水平非常低的情況下,10萬個紅細(xì)胞中可能只有1個瘧疾寄生蟲。麥克奧迪公司總經(jīng)理 Sebastian Nunnendorf 表示,“這就像是在標(biāo)準(zhǔn)尺寸的足球場上尋找彈珠一樣。”

  他們的解決方案是將深度學(xué)習(xí)和用于分割圖像中敏感信息的傳統(tǒng)計算機(jī)算法相結(jié)合,而這還需要大量顯微鏡載玻片的培訓(xùn)數(shù)據(jù)。Wilson 和他的同事甚至要求幾個實驗室故意準(zhǔn)備一些質(zhì)量差的載玻片,以便訓(xùn)練深度學(xué)習(xí)算法在不理想的情況下也能完成工作。“就顯微鏡領(lǐng)域的機(jī)器學(xué)習(xí)而言,檢測瘧疾和傳染病的手段是相當(dāng)獨(dú)特的”,Wilson 補(bǔ)充道。

  EasyScan GO 的原型顯微鏡掃描每個載玻片的速度大約與人類顯微鏡專家相當(dāng),每片 20 分鐘。但 Wilson 預(yù)計,最終能夠?qū)呙钑r間縮短一半,每片只需 10 分鐘。更重要的是,現(xiàn)有的原型顯微鏡也可以用來輔助數(shù)量有限的顯微鏡專家,幫助他們確定瘧疾和追蹤多重耐藥性瘧疾。麥克奧迪公司總經(jīng)理 Nunnendorf 表示,“本質(zhì)上來講這是巨大的工作效率提升,而不是單純的機(jī)器替換人類。”

  如果 EasyScan GO 顯微鏡能夠大規(guī)模普及,它們也可以讓監(jiān)測傳染病傳播和藥物治療效果的研究人員受益。因為 AI 顯微鏡可以提供標(biāo)準(zhǔn)化的檢測結(jié)果,可以在不同地區(qū)之間進(jìn)行多年數(shù)據(jù)的直接比較。

  深度學(xué)習(xí)算法的早期測試依賴于特殊定制的顯微鏡硬件。Global Good 的研究人員目前正在與 Motic 合作,以確保 EasyScan GO 顯微鏡的量產(chǎn)版本仍然可以滿足世界衛(wèi)生組織顯微鏡專家的最高標(biāo)準(zhǔn)。

  公司推出的最終價格和上市時間尚未確定,但是 Global Good 和麥克奧迪預(yù)計其價格比較接近基本型顯微鏡,而不是昂貴的高端數(shù)字載玻片掃描儀。控制成本對于顯微鏡的普及十分關(guān)鍵,許多努力防治瘧疾和其他傳染病蔓延的國家并不富裕。Nunnendorf 表示,“為了能最大化防治瘧疾,定價一定要特別適合低收入和中等收入國家。”

  Motic 還計劃更新 EasyScan GO 的系統(tǒng)軟件,使其“學(xué)會”診斷登革熱,南美錐蟲病,微絲蚴和鐮狀細(xì)胞貧血等其他疾病。該計劃將建立在深度學(xué)習(xí) AI 能夠準(zhǔn)確識別瘧疾寄生蟲的成功上。

  Nunnendorf 總結(jié)道,“瘧疾是最難以確定的疾病(之一),但是我們做到了。未來我們計劃拓展到其他明視場顯微鏡任務(wù),包括血液膜上常見的寄生蟲和性狀,并且拓展檢測樣本類型,包括痰和糞便。這種成功給我們鋪平了未來的道路。”


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