FPGA設計一個很重要的設計是時序設計，而時序設計的實質就是滿足每一個觸發器的建立(Setup)/保持(Hold)時間的要求。
建立時間(Setup Time)：是指在觸發器的時鐘信號上升沿到來以前，數據穩定不變的時間，如果建立時間不夠，數據將不能在這個時鐘上升沿被打入觸發器；
保持時間(Hold Time)：是指在觸發器的時鐘信號上升沿到來以后，數據穩定不變的時間， 如果保持時間不夠，數據同樣不能被打入觸發器。
FPGA設計分為同步電路設計和同步電路設計，然而很多異步電路設計都可以轉化為同步電路設計，在設計時盡量采用同步電路進行設計。對于同步電路可以轉化的邏輯必須轉化，不能轉化的邏輯，應將異步的部分減到最小，而其前后級仍然應該采用同步設計。
為了讓同步電路可靠地運行，就要對時鐘偏差進行控制，以使時鐘偏差減小到可用的范圍。影響時鐘偏差的主要有以下幾個因素：
用于連接時鐘樹的連線
鐘樹的拓撲結構
時鐘的驅動
時鐘線的負載
時鐘的上升及下降時間
在通常的FPGA設計中對時鐘偏差的控制主要有以下幾種方法：
控制時鐘信號盡量走可編程器件的的全局時鐘網絡。在可編程器件中一般都有專門的時鐘驅動器及全局時鐘網絡，不同種類、型號的可編程器件，它們中的全局時鐘網絡數量不同，因此要根據不同的設計需要選擇含有合適數量全局時鐘網絡的可編程器件。一般來說，走全局時鐘網絡的時鐘信號到各使用端的延時小，時鐘偏差很小，基本可以忽略不計。
若設計中時鐘信號數量很多，無法讓所有的信號都走全局時鐘網絡，那么可以通過在設計中加約束的方法，控制不能走全局時鐘網絡的時鐘信號的時鐘偏差。
異步接口時序裕度要足夠大。局部同步電路之間接口都可以看成是異步接口，比較典型的是設計中的高低頻電路接口、I/O接口，那么接口電路中后一級觸發器的建立-保持時間要滿足要求，時序裕度要足夠大。
在系統時鐘大于30MHz時，設計難度有所加大，建議采用流水線等設計方法。采用流水線處理方式可以達到提高時序電路的速度，但使用的器件資源也成倍增加。
要保證電路設計的理論最高工作頻率大于電路的實際工作頻率。
